茎腐病 炎热夏季，过高的土温常烫伤银杏苗幼嫩茎基部的表皮，真菌便乘机侵入伤口。发病茎部首先变褐，皮层皱缩，内皮腐烂。病菌继续侵入木质部和髓部，使髓部变暗褐色，中间逐渐空茎，并产生黑色小菌核，随后病菌侵入根部，皮层腐烂。上部植株枯死，拔起苗木，根皮脱落，仅剩下木质部。一般情况下，在入梅早、且梅雨季节持续时间短的情况下，发病早而严重，造成死苗，严重时死苗率达90%以上。
叶枯病 是银杏一年生小苗和幼树的主要病害之一，也是一种真菌性病害。发病初期叶片先端变黄，以后黄色部位逐渐变褐坏死，并扩展到整个叶缘，其后病斑向叶片基部蔓延，直至整张叶片变褐并枯焦脱落。一般从5月至6月开始发生，7月至8月为发病高峰。此后，随着时间的推移，病株的感病枝条会越来越长，褐色枝叶越来越多，严重时整株树叶全部脱落，树冠光秃，甚至一些嫩枝也枯干而死。
枯梢病 该病为真菌性病害，一般在当年新梢长度达5厘米左右时开始出现。刚开始时新梢顶端幼叶上可见紫红色病斑，随后蔓延到生长点。约经20天病部颜色由紫红色变为褐色，直至坏死干枯，干枯的幼叶不掉落。生长点坏死再经20天至30天，坏死梢下部腋芽萌发成侧枝或主梢，抽发的新梢长5厘米左右时，顶部幼叶再次被侵染发病。少数病株能三次抽发新梢，但同样被再次侵染。反复感病后，病株上部枝梢丛呈扫帚状，生长被抑制。
银杏病害防治，关键是要加强管理，具体措施为：
一是加强苗圃地管理。及时清除圃地残枝落叶，减少越冬菌源。在雨季及时清沟排渍，降低田间湿度，提高苗木自身抗病性。苗木施肥时底肥和追肥要增加有机肥，促进树苗生长健壮。提高植株抗病能力。
二是加强温光管理。高温季节可在苗床架设遮阳棚、遮阳网。发病季节，可用稻草覆盖苗床，降低光照强度和土温，有利于降低发病率。
三是搞好药剂防治。茎腐病发生时，可选用氟硅唑乳油（又名贵星）8000至10000倍液，或代森锰锌.腈菌唑可湿性粉剂600倍液，或10%多抗霉素B可湿性粉剂800倍液均匀喷雾。在幼苗或幼树叶片上，叶枯病防治应在发病初期，用40%多菌灵胶悬剂500倍液喷雾，8月至9月发病盛期，可用70%代森锰锌可湿性粉剂600至800倍液喷雾，或喷1∶2∶200的波尔多液保护。枯梢病防治早春萌芽至抽梢前次用药是关键，可以选用50%多菌灵500倍液，或70%甲基托布津800倍液喷雾，注意喷药均匀，避开高温和阴雨阶段用药。
